Trong lịch sử tư tưởng Việt Nam thời kỳ cận đại, Phùng Khắc Khoan nổi lên như một ngôi sao sáng. Ông được đánh giá là người đức độ, có tư tưởng nhân nghĩa và cuộc sống vô cùng trong sạch. Suốt cả cuộc đời, ông luôn tích cực hoạt động cho việc khôi phục đất nước thống nhất lúc bấy giờ. Những tư tưởng quan trọng của ông về đạo đức, nhân sinh có những giá trị lý luận nhất định và ý nghĩa thực tiễn trong việc giáo dục đạo đức con người Việt Nam trong giai đoạn hiện nay.