Nhận diện được trên protein gai của dòng phụ BA.1 có 34 đột biến, dòng phụ BA.2 có 32 đột biến và dòng phụ BA.3 có 25 đột biến. Số đột biến trên RBD của dòng phụ BA.1, BA.3 là 15 và BA.2 là 16. Trên RBD dòng phụ BA.1 có ba đột biến đặc trưng là S371L, G446S và G496S, dòng phụ BA.2 có bốn đột biến đặc trưng là S371F, T376A, D405N và R408S, dòng phụ BA.3 có ba đột biến đặc trưng là S371F, D405N và G446S. Trên protein gai của dòng phụ BA.2 có mười đột biến duy nhất là T19I, L24S, P25del, P26del, A27S, V213G, T376A và R408S làm dòng phụ này có khả năng lây nhiễm gấp khoảng 20 lần so với biến thể Gốc ban đầu, 4,2 lần so với biến thể Delta và khoảng 1,5 lần so với dòng phụ BA.1. Các đột biến trên vùng RBD protein gai của các dòng phụ BA.1, BA.2 và BA.3 là K417N, E484A và Q493R đều gây rối loạn cho nhiều kháng thể. Trên vùng RBD, đột biến đặc trưng G496S của dòng phụ BA.1 và các đột biến đặc trưng T376A, D405N, R408S của dòng phụ BA.2 làm giảm hiệu quả của nhiều kháng thể.