Ba mươi ba trình tự protein gai (S) của các biến thể SARS-CoV-2 và một trình tự S tham chiếu (QIC53213) được thu thập từ cơ sở dữ liệu GenBank, Hoa Kỳ. Kết quả sắp hàng hai trình tự S của từng biến thể SARS-CoV-2 với trình tự S tham chiếu nhận diện được bảy dòng biến thể SARS-CoV-2 Alpha, Beta, Gamma, Delta, Delta Plus, Iota, Kappa và chín dòng biến thể N1-N9 chưa có mã WHO. Các đột biến thường xảy ra trên S của các dòng biến thể SARS-CoV-2 với xác suất xuất hiện là D614G 39,29%, N501Y 14,29%, L452R 1,90%, P681R 10,71%, P681H 9,52%, E484K 8,33% và K417N 5,95%.